1979년 5월 10일 도쿄 도시마구 이케부쿠로 소재 선샤인60 빌딩에서 개원.
월간 「한국문화」 창간, 한국어강좌, 강연회, 전시회, 한국영화상영회 등 시작.
정부수립 35주년 기념 한국전통예술단 공연(1983), 신라 천년의 美-한국고대문화전(1983), 조선통신사-근세 200년의 한일문화교류전(1985) 등 다양한 행사 개최.
88서울올림픽 개최 이후 한국에 대한 관심이 높아지는 것에 부응하여, 한일미술교류전(1988), 창극 심청전(1990), KBS교향악단 연주회(1991) 등을 개최하며 보다 적극적으로 한국 문화 홍보.

1995년 3월 도쿄 미나토구 미나미아자부 한국중앙회관 별관으로 이전.
정부조직 개편에 따라 문화예술 이외에도 관광, 스포츠, 청소년 교류 등 다양한 분야로 사업을 확대하고 창작오페라 춘향전(1995), 국립국악원 일본순회공연(1998), 이방자비 유작전시회(1999), 한일고전예술제(2000) 등 개최.
2002년 FIFA월드컵 한일공동개최와 ‘한일 국민교류의 해’ 지정을 계기로 양국의 우호와 친선을 다지는 다양한 행사가 개최되는 가운데 도쿄국제영화제 협찬기획 ‘Korean Cinema Week’(2001～), ‘말해봐요 한국어’대회(2003～), ‘K-POP콘테스트’ 등 폭넓은 분야의 문화행사를 개최.

단독 청사 KOREA CENTER를 건립
문화체험시설을 확충하고 종합적인 한국문화 관련 서비스를 제공
(2009년 5월～ )

2009년 5월에 신주쿠구 요쓰야에 한국문화원 청사 건립 및 이전.
갤러리, 다목적 홀, 도서실, 정원, 사랑방 등의 문화시설을 갖추고 다양한 행사를 개최
한일최대규모급 교류행사인 ‘한일축제한마당 in Tokyo’（2009～）, 젊은 작가들의 미술교류를 장려하는 ‘Challenge Art in Japan’전（2012～） 등 새로운 사업을 전개.
2013년 한국문화 관련 공공기관들이 입주하며, 건물 전체를 「Korea Center」로 명명. 문화관련 기관의 해외사무소가 한데 모여 한국문화와 관련된 종합적인 서비스를 제공.
한국과 일본을 이어주는 문화 발신 기지로서, 시대의 변화에 맞춘 서비스를 제공하기 위해 온라인 발신력을 강화하며 다양한 행사를 전개하고 있음.